Biomek+Echo: 高通量、低成本NGS建庫的秘訣

在過去十多年里，隨著二代測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，測(cè)序成本已經(jīng)下降了幾個(gè)數(shù)量級(jí)，但是二代測(cè)序樣品文庫制備成本仍然高昂，過程依舊復(fù)雜。微生物及病毒全基因組測(cè)序能幫助科學(xué)家們確認(rèn)基因組編輯正確性，解析病原的變異及進(jìn)化，是高通量基因編輯和調(diào)查微生物組、病毒學(xué)研究的常規(guī)工作。液體處理專家貝克曼庫爾特創(chuàng)新推出Biomek i5+Echo 525超高通量自動(dòng)化整合系統(tǒng)，幫助您實(shí)現(xiàn)二代測(cè)序文庫構(gòu)建中的高通量和低成本的需求。

圖1. Biomek i5 +Echo 525整合系統(tǒng)。通過將Echo 525快速、精|確的聲波移液技術(shù)與Biomek i系列工作站強(qiáng)大而靈活的功能相結(jié)合，可以將文庫制備工作提高到超高通量。

我們使用illumina Nextera XT DNA試劑盒，以3種不同的微生物樣品類型（蠟狀芽孢桿菌，大腸埃希氏菌，紅球菌）進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，測(cè)試了該微量化方法的有效性。Biomek i5+Echo 525 整合系統(tǒng)的微量化文庫制備方案可將反應(yīng)體系縮小20倍，降低每次反應(yīng)的試劑成本；可單次處理384個(gè)樣品，提高樣品處理通量。 值得注意的是，根據(jù)Illumina的標(biāo)準(zhǔn)推薦實(shí)驗(yàn)流程，手工操作8個(gè)樣品的時(shí)間約為3小時(shí)。利用Biomek i5 +Echo 525整合系統(tǒng)，完成384個(gè)樣品的文庫制備僅需4小時(shí)，該時(shí)間包括了試劑分裝和孵育。試劑分裝利用選擇性吸頭移液功能，可處理靈活多變的樣品數(shù)量。微量化文庫制備使更高的通量成為可能，而無需大幅增加時(shí)間。

圖2. 微量化Illumina Nextera XT文庫制備的自動(dòng)化流程。灰色代表Biomek i5完成步驟，藍(lán)色代表Echo 525完成步驟，紅色代表手工干預(yù)步驟。Echo用于反應(yīng)體系構(gòu)建及Normalization/pooling；Biomek配置384通道加樣器，并具有選擇性吸頭移液功能，用于分裝Echo所需試劑并進(jìn)行產(chǎn)物純化；可選配臺(tái)面整合的PCR儀，用于PCR擴(kuò)增和孵育，減少人為干預(yù)。

圖3.向?qū)降能浖僮鹘缑妫ㄗ螅团_(tái)面自動(dòng)校對(duì)功能 (右)。如左圖所示，在軟件操作界面上用戶可以選擇樣本數(shù)量，是否使用臺(tái)面整合的PCR儀，以及運(yùn)行工作流程的哪個(gè)部分。具備臺(tái)面自動(dòng)校對(duì)功能（右圖），當(dāng)操作人員完成耗材擺放后，工作站可自動(dòng)判定耗材擺放是否正確，對(duì)錯(cuò)誤擺放位置進(jìn)行提示，確保程序運(yùn)行前臺(tái)面擺放正確。避免由于人為擺放耗材錯(cuò)誤，導(dǎo)致設(shè)備碰撞或試劑、時(shí)間損失。

Better together—— Echo + Biomek自動(dòng)化NGS建庫方案：

   文庫構(gòu)建體系縮小20倍相應(yīng)降低了試劑成本，無需吸頭的納升級(jí)聲波介導(dǎo)移液節(jié)省了耗材成本。

   單次384個(gè)樣品的處理，在單位時(shí)間內(nèi)實(shí)現(xiàn)了超高通量的樣本處理。

   精|準(zhǔn)的納升級(jí)至微升級(jí)移液技術(shù)及自動(dòng)化處理，是獲得真實(shí)結(jié)果的保障。

   向?qū)杰浖僮鹘缑婧团_(tái)面自動(dòng)校對(duì)功能可減少人為操作失誤。

   強(qiáng)大的數(shù)據(jù)追蹤系統(tǒng)能實(shí)現(xiàn)樣本溯源及追蹤，保證數(shù)據(jù)對(duì)接準(zhǔn)確性。

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