密度梯度離心機使用時有以下兩種離心法

　　1、差速區帶離心法：當不同的顆粒間存在沉降速度差時（不需要像差速沉降離心法所要求的那樣大的沉降系數差）。在一定的離心力作用下，顆粒各自以一定的速度沉降，在密度梯度介質的不同區域上形成區帶的方法稱為差速區帶離心法。此法僅用于分離有一定沉降系數差的顆粒（20%的沉降系數差或更少）或分子量相差3倍的蛋白質，與顆粒的密度無關，大小相同，密度不同的顆粒（如線粒體，溶酶體等）不能用此法分離。

 

　　離心管先裝好密度梯度介質溶液，樣品液加在梯度介質的液面上，離心時，由于離心力的作用，顆粒離開原樣品層，按不同沉降速度向管底沉降，離心一定時間后，沉降的顆粒逐漸分開，后形成一系列界面清楚的不連續區帶，沉降系數越大，往下沉降越快，所呈現的區帶也越低，離心必須在沉降快的大顆粒到達管底前結束，樣品顆粒的密度要大于梯度介質的密度。梯度介質通常用蔗糖溶液，其大密度和濃度可達1.28g/cm3和60%。

 

　　此密度梯度離心機的離心法的關鍵是選擇合適的離心轉速和時間

　　2、等密度區帶離心法：離心管中預先放置好梯度介質，樣品加在梯度液面上，或樣品預先與梯度介質溶液混合后裝入離心管，通過離心形成梯度，這就是預形成梯度和離心形成梯度的等密度區帶離心產生梯度的二種方式。

 

　　離心時，樣品的不同顆粒向上浮起，一直移動到與它們的密度相等的等密度點的特定梯度位置上，形成幾條不同的區帶，這就是等密度離心法。體系到達平衡狀態后，再延長離心時間和提高轉速已無意義，處于等密度點上的樣品顆粒的區帶形狀和位置均不再受離心時間所影響，提高轉速可以縮短達到平衡的時間，離心所需時間以小顆粒到達等密度點（即平衡點）的時間為基準，有時長達數日。

 

　　等密度離心法的分離效率取決于樣品顆粒的浮力密度差，密度差越大，分離效果越好，與顆粒大小和形狀無關，但大小和形狀決定著達到平衡的速度、時間和區帶寬度。

 

　　等密度區帶離心法所用的梯度介質通常為氯化銫CSCl，其密度可達1.7g/cm3。此法可分離核酸、亞細胞器等，也可以分離復合蛋白質，但簡單蛋白質不適用。